磁混凝工艺启动严格遵循先加药再搅拌进水的流程。即先开启校准好的混凝剂，再开启PAM，依次开启搅拌为T1号搅拌机、T2号搅拌机、T3号搅拌机以及刮泥机。再开启进水阀门,具体对应于自控操作主界面的反应池进水闸门,待沉淀池水位上升至斜管位置后，开启回流泵。（注：以上为空池进水调试或者无磁粉进水调试。）当池体内有磁粉时，保持刮泥机和回流泵的长时运行。其余依旧按照先加药再搅拌进水的流程操作。

排泥在手动情况下调试时，依次开启步骤为①开启磁分离机②高剪机③剩余污泥泵。在自控情况下通过PLC程序控制排泥时间和停止时间。系统关闭步骤跟开启步骤大致相反。及首先关闭进水、依次关闭搅拌机关闭加药。剩余刮泥机和回流泵，待关闭上述全部设备后延迟30分钟关闭。若需要长时间停止不运行，则需在停止搅拌后开启排泥系统。排泥60分钟后再关闭排泥系统和刮泥机、回流泵，防止管路的堵塞。排泥在手动情况下调试，依次关闭步骤为关闭①剩余污泥泵②高剪机③延迟30秒后再关闭磁分离机。在自控情况下系统通过PLC程序自动依次关闭排泥设备。